瀛山书院古建筑于20世纪六、七十年代被损毁，至纯天珠，文玩，除民国十二年（1933年）重修的得源亭、大观亭和宋代的方塘遗迹外，文玩，其余建筑物只残存基址。后村民又在书院遗址上填铺土层种庄稼，已将残存的建筑基址完全覆盖。

鉴于书院具有较高的历史文化价值，瀛山书院遗址于1982年被淳安县政府公布为第一批县级文物保护单位。2017年，县政府将实施瀛山书院遗址保护列为本年度政府十大民生实事。县文广新局联合姜家镇政府，委托杭州市文物考古研究所对瀛山书院遗址进行为期1个半月的考古发掘及清理工作，发掘及清理工作于8月21日结束。

此次考古发掘面积达475平方米，清理出了包括青石山路，鹅卵石道路与天井、排水沟和围墙房基等遗迹。“重现”了书院原本纵长方形四进院落的布局。此次考古发掘不仅全面、细致的揭示了瀛山书院的布局和结构，也为宋代淳安地区书院研究增添了重要的实物资料。

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