茅山为一座东西狭长、海拔48.8米的自然低山，位于杭州市余杭区临平镇小林街道上环桥村北侧，西距良渚遗址群20多公里。遗址分布在茅山南麓，由东至西横跨700多米，总面积约10万平方米。
为配合余杭经济开发区建设，经国家文物局批准，2009年7月~2010年1月，浙江省文物考古研究所和余杭区中国江南水乡博物馆联合对茅山遗址进行了第一期考古发掘。第一期发掘在遗址南部低洼区发现了良渚文化晚期大面积水稻田，并通过探沟发掘和局部揭露的形式大致了解了稻田的范围和布局。
2010年2月~2011年1月和2011年2月~12月，我们又对茅山遗址进行了第二、三期发掘。第二、三期的发掘工作将遗址分东、西两区同时进行，分别由丁品和赵晔领队。东区共揭露面积约12000平方米，至纯天珠，其中对遗址南部的稻田区进行了较大面积的发掘，揭露面积近8000平方米；西区共发掘面积约9000平方米。出土陶、石、玉、木等各类器物1600余件（组），发掘取得了重要收获。
茅山遗址史前聚落的格局，依地形可分两大块：北部地势较高的茅山坡脚为居住生活区（包括墓葬区），南部地势低洼的坡下为稻田区。
居住生活区的文化层堆积由早到晚主要有马家浜文化晚期、良渚文化中期、良渚文化晚期和广富林文化时期等4个阶段。此外，还发现有少量崧泽文化时期遗存。
稻田区的农耕遗迹由早到晚发现有良渚文化中期条块状稻田、良渚文化晚期大面积水稻田和广富林文化时期农耕层等3个阶段，并分别与居住生活区同时期的堆积相对应，构成不同阶段的茅山遗址史前聚落。
马家浜文化时期：
清理的遗迹有房基3处、墓葬4座、灰坑160余座、水井2口、路1条。
其中房基F4、F5为凸字形的半地穴房子，面积分别约12平方米和8平方米，斜坡式门道，地穴外侧立柱支成房顶，这在江南地区比较少见。墓葬均有长方形竖穴土坑，东西向或南北向，随葬品一般仅釜或鼎1件。灰坑的形状有圆形和不规则形等，多打破生土，包含物较少。出土的马家浜文化时期陶器器类有筒形釜、腰沿釜、鼎、豆、侧把盉、罐、盆、灶等。
良渚文化时期：
居住生活区清理的遗迹有房基2处、墓葬161座、灰坑80余座、水井7口、灰沟3条、路1条。根据层位关系和出土遗物可将这些遗迹分为良渚文化中期和晚期两个阶段。
F8是保存较好的良渚文化房基，面积约18平方米，长方形基槽内再分割成大小两间，门道同在一侧并毗邻，门旁挖坑立柱。
清理的墓葬，除少量分布于聚落中部地势较高的专营墓地外，大部分布设在居住区南侧或附近，可分成若干个区块，区块内的墓葬大致呈东西向成排分布。墓葬均有长方形的竖穴土坑，人骨已朽，部分尚存葬具痕迹。良渚文化中期墓葬陶器的基本组合为鼎、豆、罐和盆，晚期墓葬陶器基本组合为鼎、豆、尊；此外还有过滤器、圈足盘、双鼻壶、宽把杯等器类。石钺和陶纺轮不共存，可能体现了性别差异。部分墓葬随葬石钺数量较多，M79有24把，最多的M133有27把。随葬玉器的种类有三叉形器、冠状器、璜、镯、锥形器、坠、管、珠、串饰等。
稻田区的良渚文化中期和晚期稻田，地层叠压关系明确，稻田形态明显不同。
良渚文化中期稻田呈条块状，开口于稻田区第⑧层下（东、西区地层相同）。
在遗址东区解剖发掘的850平方米范围内，中间是一条通往北侧居住生活区的略呈西北—东南走向的河道（G7），G7两岸密集分布着条块状稻田，共清理田块26块、水井2口。田块的平面形状有长条形、不规则圆形、长方形等多种，面积从1、2平方米到30—40平方米不等。田块之间有隆起的生土埂，部分生土埂表面有细砂、附着泥和碎小陶片，可能是踩踏使用留下的痕迹。田块之间有的有小沟相连，部分田块有排灌水口与G7相通。这些中期田块之间还发现有两组叠压关系，S11为一东西向的长条形田块，在其下部叠压着东西排列、平面呈长方形或近方形的田块4块（S19—S22）。
中期稻田区的水井和G7内出土有鱼鳍足鼎、双鼻壶、圈足盘等陶器和石刀等遗物。G7东侧岸边还发现一艘尖头方尾的独木舟，全长7.35米、最宽0.45米、深约0.23米，船沿厚约0.02米。船身由整段马尾松圆木加工而成，局部稍有残缺。这是首次发现良渚文化时期独木舟，也是国内考古发掘出土保存最完整、最长的史前独木舟。
在遗址西区南部稻田区不同位置的探沟发掘中也发现了属于良渚文化中期的条块状稻田11块、东西向河沟1条，文玩，部分田块之间也有叠压关系。
据此推断，茅山遗址南部东西700多米范围内，在良渚文化中期已形成大范围的稻作农耕区。稻田形态上为星罗棋布的条块状小田块，中间纵横交错分布着小的河沟。
良渚文化晚期稻田即稻田区第⑦层，在布局和形态上有了新的变化和发展：
首先，在稻田布局上，良渚文化晚期先民在地势较高的居住生活区和地势低洼的稻田区之间开挖了一条呈蜿蜒东西向的河道（G2）。茅山遗址东区发掘的G2揭露东西长106米。在茅山西区不同位置的探沟发掘中也发现了G2的存在。据此推断，G2应该东西横贯整个茅山遗址。G2具有防洪排水、提供生活用水、灌溉南部稻田等多种功能。所以，G2的开挖修建表明茅山良渚文化晚期先民对聚落的布局和规划能力有了大的提高。
其次，在稻田形态上，贵州文玩，由良渚文化中期的大范围内星罗棋布的条块状稻田发展成为连片的大面积水稻田。
G2往南的稻田区南北各有一条蜿蜒东西向的灌溉水渠（G3、G6），两条水渠南北间距约64~70米间。在两条水渠之间是东西排列的大致呈南北向的红烧土铺面的田埂。东区大面积发掘区共发现了5条，田埂宽度在0.6~1.2米间，揭露最长的田埂（L2）长达83米。田埂之间间距，大部分在17~19米不等，最宽的在31米左右。这样，由灌溉水渠和田埂共围成了4块完整的良渚文化晚期稻田田块，田块的平面形状基本呈南北向的长条形，田块的面积通常约在1000平方米左右，面积大的近2000平方米。
在遗址西区南部稻田区不同位置的探沟发掘中也发现了可与东区对应的东西向河道（G2）、北侧的一条灌溉水渠（G3）、红烧土铺面的南北向田埂共4条。
结合考古发掘和土壤植硅体、植物种子分析结果判断，良渚文化晚期水稻田的范围呈东西狭长的条状分布，东西长700多米，南北宽45~110米不等，面积约5.5公顷。
目前，针对茅山遗址良渚文化时期稻田进行的多学科研究包括土壤学、植物遗存、土壤微形态、环境、年代学等正在进行中。
广富林文化时期
居住生活区的地层堆积普遍较薄，清理的遗迹有灰坑5座、水井1口。出土遗物有扁侧足鼎、罐、豆等陶器和半月形石刀等。
稻田区的第⑥层属于广富林文化时期农耕层，分布范围较广。该层中出土了多件散落的收割农具—半月形石刀，对该层土壤植硅体和植物种子的分析结果显示种植过水稻。
另外，在遗址东区该农耕层层面上新发现了50个牛蹄印，与第一期发掘发现的牛蹄印（30个）同属一组。遗址西区南部稻田区的同一层位上也发现了17个牛蹄印。价值和意义
茅山遗址的良渚文化聚落由居住区、墓地区和稻田区组成，布局结构相对清晰完整，是良渚文化聚落考古的新突破。